Школа №116 была основана в 1954 году как «Школа №116 Молотовского района г.Казани».
Первым директором стал Пётр Борисович Хорунжий.
В разные годы школой руководили К.С.Тунакова, Е.И.Руденко-Антипова.
С 1976 по 2001 год директором школы, а затем лицея была Заслуженный учитель Республики Татарстан Роза Михайловна Аитова.В 1989 году школа получает статус школы с медико-биологическим профилированным обучением при КГМУ им. С.В.Курашова. В 1992 году — школы-лицея при КГМУ им С.В.Курашова, а в 1996 году — школа зарегистрирована как «Лицей №116»
